Tiền thân Công ty thuốc lá nguyên liệu KHATOCO là Phòng nguyên liệu của Nhà máy thuốc lá Khánh Hòa. Trước yêu cầu phát triển vùng nguyên liệu thuốc lá, Tổng công ty Khánh Việt đã thành lập Công ty thuốc lá nguyên liệu Khatoco (Quyết định số 15/QĐ HĐQT-TCT ngày 28 tháng 04 năm 2005 của chủ tịch HĐQT Tổng Công ty Khánh Việt ký) như là một đơn vị sản xuất kinh doanh hạch toán phụ thuộc, chịu sự quản lý, điều hành chỉ đạo trực tiếp của Tổng Công ty Khánh Việt.
